Рассматривается задача синтеза логистических цепей (ЛЦ) в виртуальных предприятиях (ВП). ВП представляют собой новую форму организации бизнеса, основанную на формировании предприятиями единого информационного пространства с целью совместного использования своих технологических ресурсов для реализации всех этапов работ по выполнению проекта (заказ клиента). На ЛЦ как на сложный многоструктурный объект, функционирующий в условиях динамично развивающейся рыночной среды, оказывает влияние значительное количество возмущающих факторов. В связи с этим возникает необходимость анализа и учета факторов неопределенности как на этапе планирования ЛЦ, так и на этапе реализации плана ВП (регулирования). В статье приводятся концептуальная и формальная постановка и пути решения задачи синтеза логистических цепей в ВП с учетом факторов риска и неопределенности.